Analise o logs da loha de integração em https://integracoes.metadados.com.br/ (cliente acessa acessar com seu email e senha)
Vai constar o erro no log:
Neste caso menciona que o colaborador do CPF 03879978069 não foi encontrato, ou seja, tem cálculo para ele mas ele não está na Swile ou não está ativo.
Para solucionar isso tens que avaliar o porquê ele não foi integrado com a Swile ou remover ele do pagamento dos benefícios.