Situação
Ao calcular a segunda parcela do 13º, o valor pago na rubrica 30009 - 13º Salário Antecipado - Quebra de Caixa não está sendo considerado no valor descontado na rubrica de 13º salário antecipado:
Causa
Este incidente ocorre, pois a rubrica de 30009 - 13º antecipado - Quebra de Caixa, não possui classificação de 13º antecipado:

Solução
Para que a rubrica seja corretamente considerada, realize os passos a seguir:
- No módulo Cadastros, acesse Cálculos > Rubricas;
- Pesquise e selecione a rubrica em questão;
- Acesse a aba Históricos e selecione o ultimo histórico (o histórico precisa igual ou anterior ao início do ano do 13º)
- Em Classificações para as rubricas, clique em Novo e insira a classificação '13° Salário Antecipado':
- Clique em Salvar e Fechar;
- Calcule novamente a ficha de 13º Complementação dos empregados em questão e verifique se o valor de desconto foi ajustado.